Famili protein

Famili protein adalah kelompok protein yang berhubungan secara evolusi. Di banyak kasus, sebuah famili protein memiliki famili gen yang sesuai, dengan setiap gen mengodekan protein sesuai dengan relasi 1:1. Istilah famili protein tidak dapat disamakan dengan famili yang digunakan pada taksonomi.

Protein pada turunan famili dari nenek moyang bersama (lihat homologi) secara khusus memiliki struktur tiga dimensi dan fungsi serupa, serta kesamaan urutan secara signifikan. Hal terpenting dari ketiga hal ini adalah kesamaan urutan (biasanya urutan asam amino) karena kesamaan urutan merupakan indikator homologi yang paling ketat dan karenanya merupakan indikator paling jelas dari nenek moyang bersama. Terdapat kerangka yang dikembangkan cukup baik untuk mengevaluasi signifikansi kesamaan di antara sekelompok urutan menggunakan metode penyebarisan urutan. Protein yang tidak memiliki nenek moyang bersama sangat tidak mungkin menunjukkan kesamaan urutan yang signifikan secara statistik, membuat penyebarisan urutan merupakan alat yang kuat untuk mengidentifikasi anggota famili protein.

Famili terkadang dikelompokkan bersama ke dalam klad lebih besar disebut superfamili yang didasarkan pada kesamaan struktural dan mekanistik, bahkan jika tidak terdapat homologi urutan teridentifikasi.

Saat ini, lebih dari 60.000 famili protein telah terdefinisi,^[1] tetapi keambiguan pada definisi famili protein menyebabkan jumlah yang sangat bervariasi di antara peneliti berbeda.

1. ^ Kunin, V.; Cases, I.; Enright, A. J.; De Lorenzo, V.; Ouzounis, C. A. (2003). "Myriads of protein families, and still counting". Genome Biology. 4 (2): 401. doi:10.1186/gb-2003-4-2-401. PMC 151299 . PMID 12620116.